Nato a Crevalcore, Malpighi studia medicina a Bologna, dove nel 1655 insegna logica. Chiamato a Pisa da Ferdinando II a occupare la cattedra di medicina teorica, si avvicina al pensiero galileiano.
Richiamato a Bologna nel 1659 come lettore di teorica della medicina straordinaria, passa nel 1660 alla medicina ordinaria. Nominato archiatra pontificio da Innocenzo XII, nel 1691 si trasferisce a Roma, dove muore tre anni dopo.
La sua attività scientifica, indirizzata in particolare all'anatomia microscopica, lo porta a indagare in modo scientifico il corpo umano.
Per la sua fama nel 1669 la Royal Society di Londra lo nomina membro onorario. Nel 1686-1687 esce a Londra la sua Opera omnia in 2 volumi con 122 tavole incise in rame.
Una scultura in bronzo del 1897 celebra, nella piazza centrale, il figlio più illustre di Crevalcore, lo scienziato Marcello Malpighi.
Il sipario dell'antico Teatro Comunale di Crevalcore, concepito come un antico arazzo, rappresenta Marcello Malpighi alla corte del Granduca Ferdinando II di Toscana.
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